AlphaFold Database expands to proteome-scale quaternary structures
이 논문은 4,777 개의 프로테옴을 대상으로 3,100 만 개 이상의 단백질 복합체를 예측하여 AlphaFold 데이터베이스를 180 만 개의 고신뢰도 4 차 구조로 확장함으로써, 단백질 상호작용의 구조적 이해와 기능적 발견을 위한 핵심 자원을 마련했다고 요약할 수 있습니다.
📄 Category
synthetic biology
68 편의 논문
An expedient, biology-laboratory-compatible method for preparing functional perfluoropolyether fluorosurfactants for droplet microfluidics
이 논문은 산염화물 중간체와 화학 중심 정제 과정을 필요로 하는 기존 방법의 한계를 극복하고, 생물학 및 임상 실험실에서 직접 합성할 수 있는 PFPE 기반 플루오로계면활성제 제조법을 제시하여 마이크로유체역학 기반 생물학적 응용의 접근성을 높인 연구 결과를 담고 있습니다.
Enhanced tRNA array method version 2 for simultaneous in vitro synthesis of 21 tRNAs
이 논문은 21 종의 tRNA 를 단일 DNA 템플릿에서 동시에 합성하는 기존 tRNA 어레이 방법의 번역 효율을 저하시키는 요인을 규명하고 서열 변형 및 리드 서열 도입을 통해 이를 개선한 'tRNA 어레이 방법 버전 2'를 개발하여 개별적으로 준비한 tRNA 와 유사한 번역 활성을 달성했다고 보고합니다.
Light-guided actin polymerization drives directed motility in protocells
이 논문은 거대 단일층 리포솜 (GUV) 내에서 광학적으로 조절된 액틴 중합이 분지형과 선형 액틴 네트워크의 협력을 통해 세포 이동과 유사한 방향성 운동을 유도하는 최소 protocell 플랫폼을 성공적으로 구축했음을 보고합니다.
Transient contractility attenuation reprograms epithelial cells into a protrusion-driven state that drives tissue fluidization
이 연구는 액토미오신 수축성의 일시적 감쇠가 세포 형태, 기계적 특성 및 ERK 신호 전달 경로를 재프로그래밍하여 돌출부 주도적 이동을 유도하고, 이를 통해 상피 조직을 고체 상태에서 유체 상태로 전환시키는 메커니즘을 규명했습니다.
Modulating Innate Immune Responses to Curli Fibers Through Protein Engineering
이 연구는 TLR2 수용체를 활성화하여 염증을 유발하는 대장균의 커리 (curli) 섬유를 공학적으로 개조하여, 특히 TLR2 길항제인 SSL3 을 융합한 변이체가 선천성 면역 반응을 효과적으로 억제함으로써 장내 미생물과 숙주 면역계를 조절할 수 있는 프로그래밍 가능한 플랫폼을 확립했음을 보여줍니다.
Optimization of PURE system composition using automation and active learning
이 논문은 자동화 액체 처리 기술과 능동 학습 (active learning) 프레임워크를 결합하여 PURE 시스템의 고차원 조성 공간을 효율적으로 탐색함으로써 단백질 발현을 최대 3 배까지 향상시키고, 최적의 조성 조건이 DNA 농도와 유전자 특성에 따라 달라진다는 메커니즘을 규명했습니다.
Improved Biosynthesis of Ethylene Glycol from Xylose in Engineered E. coli Utilizing Two-Stage Dynamic Control
이 연구는 engineered E. coli 에서 두 단계 동적 제어 전략을 활용하여 경쟁 경로 억제 및 NADPH 유입량 조절을 최적화함으로써, 발효 배양에서 이론적 수율의 92% 에 달하는 140 g/L 의 에틸렌 글리콜 생산을 달성했습니다.
Endogenous intronic RNA tightly controls Cas9/CRISPR-mediated gene editing in human cells
이 논문은 표적 유전자의 내인성 인트론을 조건부 가이드 RNA 의 활성화 신호로 활용하여, 해당 유전자가 발현되지 않는 세포에서의 CRISPR/Cas9 오프타겟 효과를 방지하고 생체 내 유전자 편집의 정밀도를 획기적으로 향상시키는 새로운 전략을 제시합니다.
CombinGym: a benchmark platform for machine learning-assisted design of combinatorial protein variants
이 논문은 단백질 변이 설계의 공백을 메우기 위해 14 개의 커스터마이징된 조합 돌연변이 데이터셋과 9 가지 머신러닝 알고리즘을 평가한 벤치마크 플랫폼 'CombinGym'을 소개하고, 하위 차수 변이 데이터를 활용한 모델 학습이 고차 변이 예측 및 실험적 단백질 공학 성공으로 이어짐을 입증합니다.
Engineering bacterial combinatorial promoters for two-input chemical AND switching
이 논문은 마리오네트 전사 인자 카세트의 고도로 최적화된 센서를 활용하여 대장균에서 두 가지 화학 신호를 통합하는 강력한 AND 스위치 조합성 프로모터를 체계적으로 설계하고, 부분 유도 상태 억제 및 구조적 호환성 등 성공적인 다중 입력 프로모터 공학을 위한 실용적인 설계 규칙을 제시합니다.
Substrate transport limits phenylalanine ammonia-lyase activity in engineered Lacticaseibacillus rhamnosus GG
이 연구는 페닐케톤뇨증 치료제인 AvPAL*을 생산하는 데 있어 Lacticaseibacillus rhamnosus GG 가 가장 우수한 숙주임을 확인하고, 이종 운반체 발현을 통해 기질 수송 한계를 극복하여 효소 활성을 3~4 배 향상시켰음을 보여줍니다.
The Cepeda Framework: A Modular, Safety-First Preclinical Architecture for Testing Coordinated Multi-Hallmark Rejuvenation Hypotheses in Biological Aging
이 논문은 21,000 회 이상의 계산 시뮬레이션을 통해 안전성을 최우선으로 설계된 모듈형 임상 전 연구 프레임워크인 '세페다 프레임워크 (The Cepeda Framework)'를 제안하며, 이는 노화의 12 가지 주요 특징을 모두 포괄하고 9 중 안전 장치를 통해 부분적 재프로그래밍의 효능과 안전성을 동시에 검증하기 위한 가설 기반의 실험적 검증 로드맵을 제시합니다.
Seven inducible promoters for Zymomonas mobilis
이 논문은 Zymomonas mobilis 에서 최초로 NahR, VanRAM, CinRAM, LuxR 기반의 4 가지 새로운 화학 유도성 프로모터를 포함한 총 7 가지 프로모터의 기능을 검증하고, 특히 VanRAM-PvanCC 와 CinRAM-Pcin 이 해당 균주 연구에 널리 활용될 수 있는 유망한 도구임을 규명했습니다.
A genetically encoded local learning rule enables physical learning in engineered bacteria
이 논문은 유전적으로 인코딩된 국소 학습 규칙을 통해 대장균이 플라스미드 복제수 비율을 가중치로 저장하고 활동 의존적 성장 편향을 통해 이를 업데이트함으로써, 물리적 신경망을 직접 훈련시켜 적응형 다세포 계산과 차세대 세포 치료제 개발의 기반을 마련했음을 보고합니다.
Multi-lab, Multi-enzyme Study Demonstrates the Versatility of Bacterial Microcompartment Shells as a Modular Platform for Confined Biocatalysis
본 연구는 스파이캐처-스파이태그 (SpyCatcher-SpyTag) 공유 결합 시스템을 활용하여 다양한 효소를 박테리아 미세구획 (BMC) 껍질 내에 효율적으로 포접하고, 열적 안정성 및 저장 안정성을 향상시키며 다효소 경로의 조립과 기능적 통합을 가능하게 하는 모듈형 플랫폼의 유효성을 다기관·다효소 연구를 통해 입증했습니다.
A Toolbox for Biomanufacturing of Functionalised PHA Nanoparticles with C. necator
이 논문은 Cupriavidus necator 를 기반으로 한 유전적 및 공정 최적화, 다양한 PhaC 합성효소 변이체 라이브러리 구축, 비균주 공배양을 통한 지속 가능한 생산, 그리고 SpyTag-SpyCatcher 기술을 활용한 기능성 단백질 접합을 통해 맞춤형 생분해성 PHA 나노입자 플랫폼을 개발하여 바이오 기반 나노소재의 다양한 응용 가능성을 제시합니다.
Context-dependent determinants of CRISPR-Cas9 editing efficiency revealed through cross-species endogenous editing analysis
본 연구는 인간, 토마토, 거대 강가재, 검은 집파리 등 다양한 종의 내인성 편집 데이터를 분석하여 CRISPR-Cas9 의 효율성이 종과 환경에 따라 달라지는 강력한 맥락 의존성을 보이며 보편적 모델의 한계를 드러내고, 이를 극복하기 위한 새로운 예측 자원과 가이드 설계 전략을 제시했습니다.
WITHDRAWN: Escherichia coli Microcin B17 as a chassis for the development of novel antimicrobial peptides.
이 논문은 분리된 펩타이드의 생리활성을 확인할 수 없었으며, 특히 항생제와의 공정제거 문제가 발견됨에 따라 저자들이 게재를 철회하고 해당 연구를 인용하지 말아줄 것을 요청한 내용입니다.
Improved vector toolkit for genome writing in mammalian cells
이 논문은 포유류 세포에서 대규모 유전체 작성을 위한 mSwAP-In 방법의 적용을 간소화하고 표준화하기 위해, 다양한 조립 및 선택 기능을 갖춘 개선된 플라스미드 툴킷을 개발하고 검증한 내용을 담고 있습니다.